Oi, Renan.
JavaScript roda normalmente, appWeb (HTML5) também.
Extensões são um tipo especial de appWeb, no Chrome a linguagem é o javaScript (no firefox é o XUL) com acesso direto a recursos internos do browser através de uma API.
Uma extensão é um aplicativo especial que roda em segundo plano dentro do Browser independente da página que você esta navegando, e é possível instalar e desinstalar facilmente. Também é possível interagir com as janelas do browser (páginas abertas) ou com um servidor.
appWeb (HTML5) já possuem muitos dos recursos das extensões, mas possuem algumas limitações principalmente por ser cross-browser, enquanto uma extensão é especifica para uma determinada família de browser.
estou a disposição para qualquer dúvidas.
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